|
|
Struktura a vlastnosti bakteriálního biofilmu
Mrázová, Kateřina ; Sedláček, Petr (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá studiem základních vlastností buněk biofilmu PHA produkujících bakterií, konkrétně Burkholderia cepacia a Burkholderia sacchari. Pro porovnání jednotlivých typů buněk byly provedeny dva typy kultivací: jednak byly buňky kultivovány ve speciálním bioreaktoru, čímž byla připravena kultura obsahující jak volné planktonické, tak přisedlé biofilmové buňky, a pro porovnání pak byla provedena kultivace na Petriho miskách. V praktické části byla stanovována afinita jednotlivých typů buněk k hydrofobní fázi pomocí metody BATH, kdy bylo zjištěno, že přisedlé buňky ať biofilmové z bioreaktoru či odebrané z Petriho misek, převážně ochotněji přecházejí do hydrofobní fáze než volné planktonické buňky. Dále byla pomocí dynamického rozptylu světla (DLS) stanovována velikost jednotlivých typů buněk a také jejich Zeta potenciál. Pro studované vzorky bylo zjištěno, že buňky ve vzorcích mají tendenci agregovat a rozdíl ve velikostech obou typů buněk se projevuje pouze pro biofilm bakterie Burkholderia cepacia. V neposlední řadě byl sledován vliv přítomnosti jednotlivých typů bakteriálních buněk na povrchové napětí vody a také rozdílné množství PHA kumulovaného v jednotlivých typech buněk.
|
|
|
Polyhydroxyalkanoáty a jejich role ve struktuře bakteriálního biofilmu
Rucká, Markéta ; Samek,, Ota (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá polyhydroxyalkanoáty (PHA) a jejich rolí ve struktuře bakteriálního biofilmu. V teoretické části byla vypracována literární rešerše zabývající se polyhydroxyalkanoáty, bakteriálním biofilmem a jejich vzájemným vztahem. Práce byla zaměřena na rozdíly v produkcí PHA planktonickými a biofilmovými buňkami. Za účelem studie byly použity bakteriální kmeny Burkholderia cepacia a Burkholderia sacchari, které byly kultivovány s využitím CDC biofilmového reaktoru. Pozornost byla věnována kvantitě a zejména formě, v jaké se PHA vyskytují v planktonických a biofilmových buňkách. Výsledky Ramanovy spektroskopie ukázaly, že PHA se v planktonických bakteriálních buňkách vyskytuje výhradně v nativní amorfní formě. Naproti tomu v biofilmu PHA existuje také v částečně krystalické formě. Dále byla testována jednak odolnost planktonických a biofilmových buněk vůči působení různých stresových faktorů, a jednak vliv osmotického stresu na produkci PHA. Na základě výsledků experimentu, kdy byly bakterie vystaveny různým stresovým faktorům (vysoká teplota, nízká teplota, přítomnost detergentu a další), bylo zjištěno, že biofilmové buňky vykazují vyšší stresovou odolnost než buňky planktonické. Vystavení buněk zvýšenému osmotickému tlaku vedlo jednak ke zpomalení buněčného růstu a rozmnožování, ale také k poklesu produkce PHA. Planktonické buňky navíc reagovaly na vnější stimuly značně citlivěji než buňky biofilmové.
|
|
|
Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy
Nosková, Martina ; Konečná, Klára (vedoucí práce) ; Jílek, Petr (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Studijní obor: Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví Autor: Bc. Martina Nosková Školitel: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. Název diplomové práce: Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy Cíl práce: Odhalit vliv vybraných biochemických a fyzikálních vlivů na disagregaci biofilmového společenství tvořeného bakterií Staphylococcus aureus. Pro biochemický přístup byl zvolen enzym proteinasa K, v rámci fyzikálních vlivů byl studován dopad sonikace, třepání s/bez skleněných kuliček. Metody: Stafylokokový biofilm byl formován in vitro, ve dvou metodických uspořádáních - v rámci jamek mikrotitrační destičky a na kolíčcích (analogie Calgary Biofilm Device). Pro hodnocení míry konzistence získaných dat, odrážejících homogenitu odloučených biofilmových biomas byla volena "recovery" metoda a metoda detekce metabolické aktivity pomocí indikátoru Alamar Blue. Pro vyjádření míry účinnosti volených přístupů na celkovou disagregaci biofilmového společenství byla volena metoda kvantifikace biofilmové biomasy barvením krystalovou violetí. Výsledky: V případě biochemického přístupu (enzym proteinasa K) byl prokázán statisticky významný vliv na...
|
|
|
Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy
Nosková, Martina ; Konečná, Klára (vedoucí práce) ; Jílek, Petr (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Studijní obor: Bioanalytická laboratorní diagnostika ve zdravotnictví Autor: Bc. Martina Nosková Školitel: RNDr. Klára Konečná, Ph.D. Název diplomové práce: Hodnocení efektivity vybraných metodických přístupů za účelem disagregace stafylokokové biofilmové biomasy Cíl práce: Odhalit vliv vybraných biochemických a fyzikálních vlivů na disagregaci biofilmového společenství tvořeného bakterií Staphylococcus aureus. Pro biochemický přístup byl zvolen enzym proteinasa K, v rámci fyzikálních vlivů byl studován dopad sonikace, třepání s/bez skleněných kuliček. Metody: Stafylokokový biofilm byl formován in vitro, ve dvou metodických uspořádáních - v rámci jamek mikrotitrační destičky a na kolíčcích (analogie Calgary Biofilm Device). Pro hodnocení míry konzistence získaných dat, odrážejících homogenitu odloučených biofilmových biomas byla volena "recovery" metoda a metoda detekce metabolické aktivity pomocí indikátoru Alamar Blue. Pro vyjádření míry účinnosti volených přístupů na celkovou disagregaci biofilmového společenství byla volena metoda kvantifikace biofilmové biomasy barvením krystalovou violetí. Výsledky: V případě biochemického přístupu (enzym proteinasa K) byl prokázán statisticky významný vliv na...
|
|
|
Struktura a vlastnosti bakteriálního biofilmu
Mrázová, Kateřina ; Sedláček, Petr (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá studiem základních vlastností buněk biofilmu PHA produkujících bakterií, konkrétně Burkholderia cepacia a Burkholderia sacchari. Pro porovnání jednotlivých typů buněk byly provedeny dva typy kultivací: jednak byly buňky kultivovány ve speciálním bioreaktoru, čímž byla připravena kultura obsahující jak volné planktonické, tak přisedlé biofilmové buňky, a pro porovnání pak byla provedena kultivace na Petriho miskách. V praktické části byla stanovována afinita jednotlivých typů buněk k hydrofobní fázi pomocí metody BATH, kdy bylo zjištěno, že přisedlé buňky ať biofilmové z bioreaktoru či odebrané z Petriho misek, převážně ochotněji přecházejí do hydrofobní fáze než volné planktonické buňky. Dále byla pomocí dynamického rozptylu světla (DLS) stanovována velikost jednotlivých typů buněk a také jejich Zeta potenciál. Pro studované vzorky bylo zjištěno, že buňky ve vzorcích mají tendenci agregovat a rozdíl ve velikostech obou typů buněk se projevuje pouze pro biofilm bakterie Burkholderia cepacia. V neposlední řadě byl sledován vliv přítomnosti jednotlivých typů bakteriálních buněk na povrchové napětí vody a také rozdílné množství PHA kumulovaného v jednotlivých typech buněk.
|
|
|
Polyhydroxyalkanoáty a jejich role ve struktuře bakteriálního biofilmu
Rucká, Markéta ; Samek,, Ota (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá polyhydroxyalkanoáty (PHA) a jejich rolí ve struktuře bakteriálního biofilmu. V teoretické části byla vypracována literární rešerše zabývající se polyhydroxyalkanoáty, bakteriálním biofilmem a jejich vzájemným vztahem. Práce byla zaměřena na rozdíly v produkcí PHA planktonickými a biofilmovými buňkami. Za účelem studie byly použity bakteriální kmeny Burkholderia cepacia a Burkholderia sacchari, které byly kultivovány s využitím CDC biofilmového reaktoru. Pozornost byla věnována kvantitě a zejména formě, v jaké se PHA vyskytují v planktonických a biofilmových buňkách. Výsledky Ramanovy spektroskopie ukázaly, že PHA se v planktonických bakteriálních buňkách vyskytuje výhradně v nativní amorfní formě. Naproti tomu v biofilmu PHA existuje také v částečně krystalické formě. Dále byla testována jednak odolnost planktonických a biofilmových buněk vůči působení různých stresových faktorů, a jednak vliv osmotického stresu na produkci PHA. Na základě výsledků experimentu, kdy byly bakterie vystaveny různým stresovým faktorům (vysoká teplota, nízká teplota, přítomnost detergentu a další), bylo zjištěno, že biofilmové buňky vykazují vyšší stresovou odolnost než buňky planktonické. Vystavení buněk zvýšenému osmotickému tlaku vedlo jednak ke zpomalení buněčného růstu a rozmnožování, ale také k poklesu produkce PHA. Planktonické buňky navíc reagovaly na vnější stimuly značně citlivěji než buňky biofilmové.
|
host ::
RSS.